Teşhiste en önemli basamak TECRÜBELİ BİR CERRAH TARAFINDAN YAPILAN MUAYENEDİR. Hastalığın teşhisi basittir aslında, hastalar anüs etrafında sivilce benzeri bir yapı ve bu yapıdan gelen iltihaptan bahsederler. Zor olan bu fistülün tipini, yerini, eşlik eden apse ve/veya diğer küçük fistüllerin varlığını belirlemek, fistülün içinde aktif iltihap olup olmadığını anlamaktır. Başarılı tedavinin temeli başarılı bir değerlendirme sürecinden geçer. Muayenede ancak çok basit ve yüzeysel bir fistül varsa ek bir teşhis yöntemine gerek kalmadan tedaviye geçilebilir. Tüm diğer durumlar için mutlaka anal bölgenin manyetik rezonans (MR) görüntülemesi gereklidir. MR ne kadar tecrübeli bir ekip tarafından yapılırsa o kadar iyi olur. Sırf yapılmış olması için yapılan MR faydadan daha çok sıkıntıya sebep olmaktadır.

Tekrarlayan fistüllerde veya komplike fistüllerde iltihabi bağırsak hastalığını ekarte etmek için mutlaka rektoskopi veya kolonoskopi ile kalın bağırsağın değerlendirilmesi gerekebilir.